屋久島の垂直分布を日本初の木骨構造温室に凝縮したユニークな植物園。珍しい亜熱帯・熱帯地方の有用植物を栽培するハーブガーデンも見ものだ。園内はルートバスに乗ってガイドを聴きながら、ハーブガーデンやパイナップル園などを30分で一周する仕組み。もちろん歩いての散策も可能で、途中、トローキの滝が一望できるものみ台もある。レストランではハーブ料理やトロピカルフルーツが味わえるほか、売店ではハーブ食品、フラワーグッズなどを販売。
野生種、園芸種あわせて2000種の熱帯植物が生い茂げる植物園。とくに人気なのはバナナ、マンゴー、パパイヤ、グアバ、レイシ、アセロラ、ドラゴンフルーツ、パイナップル、パッションフルーツなどのトロピカルフルーツが実際に実っている姿を目にすることができる点。10〜20分の巡回コースがあり、知識豊富なスタッフが解説しながら案内してくれる。休憩所の「果実庵」では園内で実ったバナナ、マンゴー、パイナップル、モンキーバナナ、スターフルーツなど、もぎたてのトロピカルフルーツやジャムのサービスもある。
薩摩半島最南端に位置する長崎鼻にある動物遊園地。園内にはアコウ、ガジュマル、ハイビスカス、ブーゲンビレアなどの熱帯・亜熱帯植物がジャングルのように生い茂り、原色の美しい花を咲かせ、その中にクジャク、コンゴウインコ（中・南米産大型インコ）やリスザルなどが放し飼いにされている。動物との触れ合いやオランウータン、フラミンゴ、インコ、ネズミ、ミニブタの楽しいショーも開催。
鹿児島の海、南西諸島の海、黒潮の海をそれぞれ再現したコーナーやアマゾンギャラリー、イルカ・ラッコ館などがあり、実験解説やハイビジョンシアターでの映像解説など、イベントが多彩。イルカ・ラッコ館では、クイズ形式でイルカの生態を学べる「いるかの時間」、ラッコの食事風景が見られる「ラッコの時間」なども。
屋久杉の特徴や森のなりたち、屋久杉の利用の歴史などを紹介する屋久町の施設。平成5年に屋久島のおよそ20％にあたる森林が世界自然遺産として登録されたが、なぜ屋久杉は長生きなのかなど、自然遺産の中核となる屋久杉の原生林の神秘に迫ることができる。屋久杉造りのエントランスホールではビデオと地形模型で屋久島の概要を紹介。雪の重みで折れた縄文杉の枝も展示している。樹齢1660年の屋久杉がある「屋久杉探検館」では、屋久杉の成長の秘密や江戸時代の屋久杉利用の歴史を展示。「自然パノラマ館」はナナカマドが着生する大杉を中心にした植物の垂直分布のジオラマが見学できる。他にも映像資料の上映、屋久杉と人々の関わりに踏み込んで紹介している別館、木工体験ができるクラフト室などがある。ミュージアムショップには縄文杉ポスター、絵葉書などオリジナルグッズが並ぶ。
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